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Beim Lómagnúpur handelt sich um einen langgezogenen von Norden nach Süden ausgerichteten Bergrücken, der an seinem höchsten Gipfel 764 m über dem Meer liegt, die vordersten Klippen hingegen erreichen eine (fast senkrechte) Höhe von 671m und sind damit die höchsten Islands.

Zum größten Teil besteht Lómagnúpur aus Palagonit, jedoch erkennt man auch Lagen aus Laven (z. B. Kissenlava und Lavasäulen) sowie Sedimenten.

Der Lómagnúpur wurde innerhalb von 1 Million Jahren aufgebaut. Die untersten Schichten sind ca. 2,5 Millionen Jahre alt, die obersten etwa 1,5 Millionen Jahre.

Zudem befand sich der Berg in Zwischeneiszeiten sowie direkt nach der letzten Eiszeit vor 10.000 Jahren direkt an der Küste, so dass ihn auch das Meer geprägt hat.

Zwei oder drei Bergstürze sind am Lómagnúpur nachweisbar. Der auffallendste befindet sich auf der Westseite des Berges direkt neben der Hauptverbindungsstraße Hringvegur, stammt von 1789 und entstand bei einem Erdbeben.